מדרשה תיכונית אפיקים היא חוויה שונה בנוף של האולפנות – היא מדרשה בכך שבית המדרש עומד במרכז, כלומר תורה ותפילה, כל יום, עם יותר מ-20 שעות של לימוד בבית המדרש מדי שבוע (חברותא או שיעור), לא כולל תפילה והכנה לתפילה. אולם, היא גם דואגת להצלחת כל תלמידותיה בלימודי התיכון – בכל הרמות של מתמטיקה ואנגלית, במגמות מגוונות ובשאר לימודי הליבה. המדרשה בשנתה השנייה והבנות שממלאות את בית המדרש מחפשות תורה ועבודת ה', שיח של אמת עם חברות שאיתן אפשר לדבר על צמיחה בעבודת ה', וגם אפשר לצחוק איתן. התכנית מצמיחה בתלמידותיה מידות חיוניות לחיי תורה ולחיים בכלל - משמעת עצמית, למידה עצמית, רגישות לזולת ועוד. ההצטרפות למקום זה היא הזדמנות לגדול בקודש תוך כדי תרומה משמעותית לעם ישראל ולתורת ישראל, כי חיזוק המקום הוא לכבודה של תורה.
במדרשה התיכונית אפיקים:
⦁ לימוד בהעמקה בכל תחומי התורה, לפחות 20 שעות קודש כל שבוע, לא כולל שעות תפילה והכנה לתפילה
⦁ חברותא לפני כל שיעור, בית המדרש הוא כיתת האם של הבנות
⦁ חבורה שאיתה אפשר לגדול בקודש, בעבודת ה'
⦁ מרחב לאהבת תורה ויראת שמים עם הרבה מתיקות
⦁ לימודים לתעודת בגרות איכותית עם מגוון מגמות – בקודש, במדעים ובמדעי הרוח
⦁ פעילויות רבות – טיולים, שבתות, ניגון ושירה, פעילויות חסד – בהובלת הבנות בוועדות השונות